Elektroninėje parduotuvėje galimi šie atsiskaitymo būdai:
- per elektroninę bankininkystę ir mokėjimų inicijavimo paslaugą
- apmokant elektroniniu paštu gautą išankstinio mokėjimo sąskaitą
Užsakytos paslaugos pradedamos vykdyti, o užsakytos prekės išsiunčiamos tik tada, kai apmokėjimas gaunamas į elektroninės parduotuvės banko atsiskaitomąją sąskaitą.